De voormalige openbare lagere school van Warffum dateert van 1887 en is nu het hoofdgebouw van het museum.
Omstreeks 1830 werd er nog les gegeven in de kosterij, de woning van de koster/schoolmeester, maar kort daarna werd een lostaand schoolgebouw gebouwd. Toen de rijksinspecteur voor het lager- en middelbaar onderwijs in 1836 Warffum bezocht, beschreef hij dit gebouw als volgt: "Te Warffum waren de wanden der fraaije, langwerpige, door glazen deuren in twee vertrekken verdeelde schoolzaal rondom van zwarte borden voorzien."
Dit gebouw werd rond 1863 vervangen door een nieuw gebouw, dat in 1887 door aannemer H.J. Schreuder uit Zuidbroek werd verbouwd en uitgebreid tot het huidige gebouw. De oude school staat als het ware nog binnen de nieuwe, maar er is nauwelijks meer een spoor van te vinden. Rondom werden nieuwe gevels in neo-klassistische stijl opgetrokken, het voorportaal werd afgebroken (er kwam een klassiek fronton voor in de plaats) en er werd een vleugel met vier lokalen aangebouwd.

Deze school deed meer dan 70 jaar dienst en werd in 1957 afgekeurd voor het onderwijs. Drie jaar later werd er een nieuwe school gebouwd aan de Westervalge.
De gemeente Warffum stelde een aantal lokalen beschikbaar aan het Museum Het Hoogeland en in 1973 mocht het museum het gebouw overnemen voor de symbolische prijs van f 1,-.
Daarmee werd een hele zorg binnen gehaald, want het museum was financieel niet in staat om zo'n groot gebouw te onderhouden. Langzamerhand werden de lekkages te bar en het aantal plaatsen waar vloeren niet meer betrouwbaar waren, zo groot, dat het gebouw voor het publiek gesloten moest worden. Om vernielingen te voorkomen werden wat later de ramen dichtgetimmerd en zo bood de school enige jaren een nogal troosteloze aanblik.
In 1983 kon met subsidietoezeggingen van Monumentenzorg, de Provincie de gemeente Warffum en met de toezeggingen van het Arbeidsbureau om te voorzien in werkkrachten in het kader van de Werk Verruimende Maatregel, een begin gemaakt worden met de restauratie.

Eén lokaal is in de oorspronkelijke staat gebleven en geeft een beeld van een schoolklas uit het begin van de 20e eeuw, waar kinderen van verschillende leeftijd bij elkaar in één lokaal les kregen.
In 1909 werd er centrale verwarming aangelegd. Tot die tijd was er in elk lokaal een op turf gestookte kachel. De turf was op de zolder opgeslagen en werd door de kinderen via de turfkoker, in de hoek naast het schoolbord, naar beneden geworpen.
Op de banken het Hoogeveens leesplankje. Deze leesmethode werd ontwikkeld door de Groninger onderwijzer Hoogeveen. De eerste versie verscheen in 1899 bij de firma Brinkgreve. De "verbeterde" versie, getekend door Cornelis Jetses, werd uitgegeven door de firma Wolters te Groningen in 1910.
In de kast staan een aantal houten schooltassen. Vroeger zaten de kinderen vaak op lage banken zonder leuning of lessenaar. De houten schooltas -schriefbred in het Gronings- werd op de knieën gelegd en als werkblad gebruikt.